Фамилия Иоктон — редкий пример, когда географическое название стало родовым прозвищем, а затем и фамилией, почти без изменений. В основе лежит имя библейского персонажа Иоктан (Иокшан) — сына Евера, родоначальника многих аравийских племён. В русской традиции это имя почти не встречалось, зато в среде старообрядцев и духовенства иногда использовали библейские имена в качестве прозвищ или фамилий. Однако более вероятно, что Иоктон — это адаптация названия реки Иоктанга (приток Ветлуги) или местности Иоктанг в Костромской области, где жили финно-угорские народы. В таком случае фамилия образована по редкой модели — от гидронима с усечением конечного «-га» и добавлением суффикса -ов, который со временем мог редуцироваться до -он.

Суффикс -он в фамилии Иоктон нестандартен для русских фамилий. Обычно -ов/-ев или -ин указывают на принадлежность («чей?»), но здесь, скорее всего, работает финно-угорский субстрат: в марийском и удмуртском языках суффикс -он обозначает место или результат действия. То есть Иоктон могло означать «живущий у реки Иоктанги» или «выходец из Иоктанга». Второй вариант — фонетическое искажение фамилии Иоктангов: на Русском Севере часто отбрасывали конечный -ов в устной речи, и фамилия закрепилась в сокращённой форме.

Географически фамилия привязана к Вятской и Костромской губерниям. В переписях XIX века единичные носители встречались среди государственных крестьян Шабалинского уезда (ныне Кировская область). Социальный состав — крестьяне-старообрядцы, которые нередко брали фамилии по названиям рек и урочищ, где селились общинами. Других версий происхождения нет: ни от профессии, ни от личного имени Иокий (оно не существовало). Фамилия осталась локальной и почти не вышла за пределы Вятского края, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска — если предки носили Иоктон, их корни почти наверняка ведут в бассейн реки Иоктанги.