Фамилия Иокубайтис — почти стопроцентный маркер литовского происхождения. Окончание -айтис (-aitis) — один из самых распространённых литовских патронимических суффиксов, указывающих на потомка: буквально «сын такого-то». В данном случае основа — личное имя Иокубас (лит. Jokūbas), литовский аналог библейского имени Иаков (Яков). Таким образом, Иокубайтис означает «сын Иокубаса» или, шире, «потомок Якова».

В Литве фамилии с суффиксом -айтис особенно характерны для исторического региона Жемайтия (северо-запад страны), хотя встречаются повсеместно. В XIX веке, после отмены крепостного права, литовцы массово закрепляли фамилии в документах — именно тогда патронимические формы вроде Иокубайтис и стали наследственными, а не временными прозвищами. В русскоязычной среде фамилию часто записывали на слух как Иокубайтис, хотя литовское произношение ближе к Йокубайтис (с мягким «Й» в начале). Встречается и вариант Якубайтис — калька с русского имени Яков.

Интересная деталь: в Литве существует и женская форма — Иокубайтене (для замужней) и Иокубайтите (для незамужней), но за пределами страны, как правило, фиксируется только мужской вариант в документах. Если предки носителя фамилии жили на территории бывшей Российской империи, то в метрических книгах или ревизских сказках фамилия могла писаться через «о» (Иокубайтис) или через «я» (Якубайтис) — это зависело от грамотности писаря.

По социальному происхождению носители фамилии Иокубайтис — почти наверняка потомки литовских крестьян или мелких шляхтичей (в Жемайтии шляхта была многочисленной, но небогатой). Дворянские роды с таким окончанием встречаются реже, но полностью исключать их нельзя: в Речи Посполитой литовская знать часто использовала именно патронимические формы. Точных данных о численности фамилии в России или Литве в открытых источниках нет, но это не редкая фамилия — в Литве она входит в число нескольких тысяч устойчивых родовых имен.