Фамилия Ионахи — редкая и, на первый взгляд, неочевидная по происхождению. Её форма сразу выдаёт нетипичную для русской ономастики модель: окончание -и характерно для фамилий украинского, белорусского или польского ареала (сравните: Галай, Коваль, Гмыря). Но здесь основа не на -а, а на -и, что может указывать на усечённую форму от полного патронима или на происхождение от прозвища, которое в бытовой речи звучало как «Ионах».

Вероятнее всего, в основе лежит каноническое имя Иона. В святцах это имя ветхозаветного пророка, которое в народной речи могло обрастать суффиксами: Иона → Ионах (с уменьшительным или фамильярным -ах, как в именах Пантелеймон → Пантелах, Фёдор → Федях). Тогда «Ионахи» — не что иное, как патроним в форме множественного числа: «из рода Ионаха», то есть потомки человека по прозвищу или уменьшительному имени Ионах.

Вторая, менее вероятная версия — связь с греческим словом ἰωνάχ (ионах) — так называли приверженцев ионийской философской школы, но для бытовой фамилии это слишком книжно. Скорее всего, перед нами чисто восточнославянская модель: от имени Иона через промежуточную форму Ионах с последующим закреплением в родительном падеже множественного числа (чьи? — Ионахи). Такие фамилии на -их/-ых в русском языке встречаются редко и обычно фиксируют целый род: например, Седых, Болдыревых. Но здесь окончание -и, а не -ых, что указывает либо на украинское влияние, либо на то, что фамилия застыла в форме именительного падежа множественного числа.

Географически носители фамилии Ионахи встречаются в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её западнорусские или малороссийские корни. Социально предки могли быть крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская, без суффикса -ский, и образована от обиходного, а не от полного церковного имени. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что делает её особенно ценной для семейной истории: каждый носитель — по сути, единственный источник сведений о своей ветви рода.