Фамилия Ионайтите — литовского происхождения, что сразу заметно по её окончанию. Суффикс -ите (-ytė) в литовском языке — типичный показатель женского рода в фамилиях. Мужской вариант, скорее всего, звучал бы как Ионайтис (Jonaitis). Такая модель образования характерна для Литвы и исторически связанных с ней территорий (Жемайтия, Аукштайтия, части бывшей Речи Посполитой). Встречается она и у литовцев, переселившихся в другие регионы Российской империи в XIX — начале XX века.

Основа фамилии — имя Ионас (Jonas), литовский аналог библейского имени Иона. В переводе с древнееврейского оно означает «голубь». Таким образом, Ионайтите — это буквально «дочь или жена Ионаса». В литовской традиции фамилии на -ите/-уте закреплялись за незамужними женщинами, а для замужних использовались суффиксы -ене (-ienė). Следовательно, в историческом контексте носительница фамилии Ионайтите — скорее всего, дочь мужчины по имени Ионас (или его потомка, унаследовавшего фамилию).

Фамилия довольно редкая даже в Литве, а за её пределами встречается в основном у потомков литовских переселенцев. В России, Беларуси и Польше она могла записываться с искажениями из-за передачи литовских окончаний через русскую или польскую графику — например, как Ионайтите или Ионайтит. Но оригинальная форма с мягким окончанием сохранилась именно у выходцев из литовской языковой среды. В отличие от славянских фамилий на -ов/-ин, здесь нет указания на сословную принадлежность: литовские фамилии такого типа носили как крестьяне, так и шляхта, поэтому предки могли быть кем угодно — от земледельца до мелкого дворянина.