Фамилия Ионушайте — литовская по происхождению, что сразу видно по её окончанию. Суффикс -айт (-aitė) в литовском языке — типичный показатель женского рода, образующий фамилии незамужних женщин (дочерей). Мужской аналог — Ионушайтис (Ionušaitis). Такая модель широко распространена в Литве и исторически связана с патронимической традицией: фамилия буквально означала «дочь Ионушаса» или «потомок Ионушаса».

Основа — Ионуш (Ionuš) — это уменьшительная или производная форма от имени Ионас (Jonas), литовского аналога русского Иван, древнееврейского Йоханан («Яхве смилостивился»). Таким образом, фамилия Ионушайте восходит к личному имени, которое было одним из самых распространённых в Литве и христианском мире в целом. Уменьшительный суффикс -уш- (-uš-) придаёт имени оттенок ласкательности или указывает на младшего в семье.

Встречается фамилия преимущественно в Литве и среди литовской диаспоры. В России, Беларуси или Польше она могла фиксироваться в документах как результат миграции или браков. Поскольку фамилия женская, её носительницы в прошлом, скорее всего, были дочерьми крестьян или ремесленников — литовское дворянство чаще носило фамилии на -ас или -ис, а не на -айт. В советское время при паспортизации многие литовские фамилии русифицировали, добавляя окончание -ова или -ева, но форма Ионушайте сохранилась именно в литовском варианте.

Интересная деталь: в литовской ономастике фамилии на -айт нередко становились основой для русских фамилий, когда мужчина приезжал в Россию — например, Ионушайтис мог превратиться в Ионушайцева. Но Ионушайте — это именно женская форма, и её носительница, если не выходила замуж, могла передать её детям как родовую. В современной Литве такие фамилии всё ещё бытуют, хотя после реформы 1990-х годов многие женщины взяли мужские варианты на -ене или -увене.