Фамилия Ионушкина — редкий случай, когда в основе лежит не просто каноническое имя, а его народная, ласкательная форма с двойным суффиксом. Корень здесь — Ион, русская версия древнееврейского имени Иона (в переводе — «голубь»). Но в фамилию пошла не сама церковная форма, а производная Ионушка: суффикс -ушк- в русских именах указывал на нежность, уменьшительность, часто использовался в быту, в кругу семьи.

От этого Ионушки и пошла фамилия через стандартный притяжательный суффикс -ин: Ионушкин — «чей?» — «сын Ионушки», «человек из семьи Ионушки». Женская форма Ионушкина — это уже грамматическая вариация, указывающая на принадлежность к роду. Модель образования типична для центральной России и Поволжья, где фамилии на -ин массово возникали в XVI–XVII веках.

Интересная деталь: имя Иона в православных святцах есть, но популярным оно никогда не было, в отличие от Ивана или Петра. Поэтому фамилия Ионушкин (и её женская форма) — редкость. Встречается она в основном в регионах, где сохранились старые говоры и устойчивые прозвищные формы. Если сравнивать с однокоренными — Ионин, Ионов, — то Ионушкин стоит особняком: он не от полного имени, а от домашнего, что выдаёт в предке человека из простонародной среды, где ласкательные имена были нормой общения.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа не от имени, а от прозвища Ионушка, данного по поведению (тихий, «голубиный» нрав). Но в ономастике принято считать первичным именной корень, тем более что имя Иона зафиксировано в документах задолго до появления фамилий. Так что Ионушкины — это потомки того самого Ионушки, которого дома звали ласково, а в официальных бумагах записали по отцу.