Фамилия Ипохорская — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами фамилия с искусственной, книжной основой, а не с бытовым прозвищем или профессией. Разберём словообразовательную модель: суффикс -ск- указывает на дворянский или польско-шляхетский тип фамилий, а также на возможное происхождение от географического названия (ойконима). Окончание -ая — типично русское, свойственное полным прилагательным. Таким образом, фамилия могла быть образована от названия населённого пункта, которого, возможно, уже не существует, или от прозвища, данного по месту жительства.

Корень «ипо-» сразу обращает на себя внимание. Он не является исконно русским. В греческом языке «ипо» (ὑπό) означает «под», «внизу» или указывает на неполноту, подчинённость. Это слово часто встречается в медицинской терминологии (ипохондрия, ипостаз) и в церковной лексике. Поэтому первая и основная версия — фамилия происходит от термина «ипохондрия» или «ипохондрик». В XIX веке, в эпоху увлечения классическим образованием, в семинариях и духовных академиях ученикам нередко давали фамилии, образованные от греческих слов, характеризующих их характер или внешность. Так, семинарист, отличавшийся мнительностью или меланхоличным нравом, мог получить фамилию Ипохорский (или Ипохорская). Такие фамилии не были наследственными в прямом смысле — их давали при поступлении, и они закреплялись за потомками.

Вторая, менее вероятная версия — связь с греческим «хор» (хоровод, танец, место для пения). В этом случае «ипохор» могло означать «подпевающий», «находящийся внизу хора», но такое толкование натянуто и не подтверждается известными источниками. Географическая версия (от названия села или хутора) тоже возможна, но найти конкретный топоним «Ипохоры» или «Ипохор» на картах не удаётся — скорее всего, это гипотетическое название, которое могло появиться от того же греческого корня в польских или белорусских землях.

Сословно фамилия Ипохорская, скорее всего, принадлежала духовенству (семинарская) или мелкопоместной шляхте, если происходила от названия имения. Правдоподобнее первое: в духовной среде такие «книжные» фамилии с греческими корнями встречались гораздо чаще, чем среди крестьян или купцов. Носитель фамилии мог быть сыном священника или дьячка, получившего в семинарии прозвище Ипохор (меланхолик), а его дети уже стали Ипохорскими.