Фамилия Ирхунов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам, где основа «ирхун» может быть вариантом имени или прозвища. В ряде тюркских наречий «ир» означает «мужчина», «человек», а «хун» — компонент, связанный с древним этнонимом «хунну» (гунны). Таким образом, Ирхун могло быть прозвищем, которое давали человеку за внешность или характер, напоминающие кочевника-воина, либо именем-оберегом с пожеланием силы.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: Ирхунов — «сын Ирхуна». Такие фамилии обычно закреплялись за выходцами из крестьянских и служилых сословий, особенно в районах смешанного русско-тюркского населения — например, в Поволжье, на Урале или в Сибири, где контакты с татарами, башкирами и казахами были повседневными.

Менее вероятна, но допустима версия от искажённого крестильного имени. В православных святцах нет имени Ирхун, но в говорах могли переделать редкое имя вроде Ириний или Иродион: «Ирхун» — как сокращение с тюркским окончанием. Однако такая гипотеза слабая: фамилии на -ов от канонических имён обычно сохраняют более узнаваемую основу.

Встречаемость фамилии крайне мала. По открытым данным, Ирхуновы живут преимущественно в Башкортостане и Челябинской области — это косвенно подтверждает тюркскую версию. В дореволюционных переписях фамилия не зафиксирована, что говорит о её позднем оформлении — возможно, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу или прозвищу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ирханов, Иркулов — показывает, что все они строятся по одной модели: тюркское личное имя + русский суффикс. Ирхунов стоит особняком из-за редкого корня «хун», который встречается в основном в исторических контекстах.