Фамилия Ирниденко — редкий случай, когда основа настолько неочевидна, что сразу ставит перед исследователем вопрос: откуда она взялась? По своей словообразовательной модели это типичная украинская фамилия с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках был основным маркером потомка по отцу, а позже закрепился как фамильный. Если бы фамилия была Ирниденко, а не Ирниденко, можно было бы предположить связь с топонимом Ирнидень или Ирнида, но таких названий на карте нет.

Самая логичная версия — это адаптация иноязычной основы. В южных и центральных регионах Украины, особенно в бывших запорожских землях, фамилии на -енко часто давали выходцам из других этносов, чьи имена или прозвища переделывали на местный лад. В основе Ирни- может лежать тюркское или греческое личное имя. Например, у тюркских народов встречается имя Ирни (İrni) — возможно, вариант имени с корнем «ир» (мужчина, герой) или уменьшительная форма от Ирназар. При переселении носителя такого имени в украинскую среду его дети автоматически становились Ирниденками — «сыновьями Ирни». Менее вероятно, но возможно, что это искаженное немецкое или еврейское имя, например, Ирнст (Эрнст) или Ирн, которое при записи в реестры получило украинский суффиксальный формант.

Суффикс -енко в данном случае не оставляет сомнений в регионе происхождения: это Левобережная или Слободская Украина (современные Черниговская, Полтавская, Сумская, Харьковская области). Фамилия очень редкая, в исторических документах почти не встречается, что говорит о локальном бытовании — возможно, она принадлежала одному роду, который не разросся в многочисленную ветвь. Сословно носители могли быть казаками или крестьянами, так как фамилии на -енко в массе своей не были дворянскими, хотя отдельные роды получали шляхетство.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ирниченко, Ирнич, Ирник) показывает, что все они единичны и, скорее всего, восходят к одному корню — личному имени или прозвищу Ирна. Единого и бесспорного толкования у фамилии Ирниденко нет, но тюркская версия выглядит предпочтительнее: она объясняет и необычное звучание, и географию распространения украинских фамилий, впитавших элементы соседних культур.