Фамилия Ирпрене — редчайший случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные словообразовательные модели славянских фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ин, -ский, -их или -ко. Окончание -ене нехарактерно для русского языка, что сразу указывает: перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычного имени или прозвища.

Вероятнее всего, фамилия Ирпрене имеет искусственное происхождение. В XIX–XX веках в России была распространена практика переделывать иностранные фамилии на русский лад, особенно среди духовенства. Семинаристы нередко получали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, либо от названий городов и рек. Основа «Ирпр» может быть искажением слова «Ирпень» — реки в Киевской области Украины. В таком случае фамилия Ирпрене могла означать «с реки Ирпень» или «ирпенский», но с необычным суффиксом, который придаёт ей звучание, напоминающее французские фамилии (вроде Дюплесси).

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от редкого личного имени или прозвища. В некоторых говорах и диалектах слово «ирпа» означало «плут» или «хитрец», но прямых доказательств связи с фамилией нет. Поскольку фамилия чрезвычайно редкая, её носители, скорее всего, принадлежали к одной семье, возможно, имевшей отношение к церковной среде или к интеллигенции. География бытования фамилии не прослеживается: в открытых источниках упоминания единичны, и связать её с конкретным регионом России или Украины пока невозможно.