Фамилию Исеркапов стоит рассматривать как редкий пример русской фамилии, образованной от тюркского составного имени. Её основа — мужское личное имя Исеркап (вариант Исеркаб), которое в свою очередь складывается из двух компонентов. Первая часть, «Исер», восходит к арабскому «исар» — «предпочтение», «самопожертвование» (в исламской этике так называют предпочтение другого человека себе). Вторая часть, «кап/каб», скорее всего, является формой тюркского «кеп/кап» в значении «крепкий», «прочный» или же тюркского титула «каб» (ср. казахские имена Кабыл, Кабен). Таким образом, имя Исеркап могло означать «крепкий (верный) в самопожертвовании» или «предпочитающий крепость (верность)».

Модель образования фамилии проста и типична для русского языка: к основе Исеркап добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Исеркапа). Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или казахов, попавших в русскую административную среду в XIX — начале XX века. Фамилия с окончанием на -ов, а не на -ев, говорит о том, что основа оканчивалась на твёрдый согласный.

Географически фамилия Исеркапов, судя по имеющимся данным, тяготеет к югу Урала и Западной Сибири: Оренбургская, Челябинская области, Башкортостан, Казахстан. Встречаемость крайне низкая, что указывает на её происхождение от одного конкретного рода или даже одного человека, носившего редкое имя. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия практически не фиксируется, что подтверждает её позднее оформление — скорее всего, уже в советское время, когда паспортизация закрепила за потомками Исеркапа именно такую форму.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что вариаций практически нет: не встречаются Исеркабьев, Исеркаповых или Исеркапский. Это делает фамилию Исеркапов уникальным маркером одного генеалогического древа. Предки носителя фамилии, вероятно, были либо крещёными татарами (мишарями), либо казахами, принявшими православие, и носили имя, отражавшее исламские добродетели, но адаптированное в тюркской среде.