Фамилия Ищунко — редкий случай, когда форма на -ко не указывает на украинское происхождение. Вопреки распространённому мнению, суффикс -енко (-ко) типичен для украинских фамилий, но Ищунко звучит иначе: здесь нет привычного -енко, а есть -унко, что сразу настораживает. Скорее всего, перед нами не украинская, а белорусская или западнорусская фамилия, где -ко могло быть уменьшительным суффиксом, а основа восходит к личному имени Ища.

Основа «Ищ-» — это, вероятно, производная от крестильного имени Исай (библейский Исайя) или Иосиф. В народной речи эти имена сокращали до Ища, Ишко, Ищута. Суффикс -ун- в белорусских и псковских говорах давал прозвища с оттенком ласкательности или принадлежности: Ищун — «маленький Ища» или «сын Ищи». Добавление -ко (тоже уменьшительное) усиливает этот оттенок: Ищунко — «Ищункин сын» или просто «малыш Ищун».

География фамилии подсказывает, что Ищунко встречается в основном на западе России — в Брянской, Смоленской областях, а также в Беларуси. Там же фиксируются однокоренные фамилии: Ищук, Ищенко, Ищин. Но Ищунко стоит особняком: суффикс -унко почти не встречается в других фамилиях, что делает её уникальной. Возможно, предок носителя был выходцем из небольшой деревни, где прозвище закрепилось за целым родом.

Есть и другая версия, менее правдоподобная: связь с глаголом «искать». В старину «ищуном» могли называть сыщика, разведчика или просто любопытного человека. Но эта гипотеза слабая, потому что глагольные основы в фамилиях на -ко обычно дают формы вроде Искач или Ищук, а не Ищунко. Скорее всего, корень именно именной.

В документах XIX века фамилия не фиксируется в дворянских родословных — это крестьянская или мещанская фамилия. Носители Ищунко жили в основном в сельской местности, занимались земледелием или ремёслами. Сегодня фамилия редкая, её можно встретить в Брянской области и в Москве, куда переехали потомки.