Фамилия Ишембитов — редкий случай, когда в основе лежит составное имя из двух полных смысловых частей, а не усечённое прозвище. Разбирать её по схеме «корень плюс суффикс» можно только после того, как поймёшь, что перед нами — арабское или тюркское имя Ишембит, к которому добавили русский патронимический суффикс -ов.

Имя Ишембит (варианты: Ишимбит, Эшембит) состоит из двух компонентов. Первый — «иш» (тюркское «работа, дело, труд») или «ишем» (притяжательная форма: «моё дело»). Второй — «бит», который восходит к тюркскому «бек, бий» (господин, князь, правитель), но в диалектах башкирского и татарского языков произносится как «бит» или «бет». Таким образом, имя Ишембит означает «дело господина» или, в более свободном переводе, «слуга князя», «человек, занятый на службе у бека». Это указывает на социальный статус первого носителя: он не был князем, а состоял при нём, вероятно, в роли управляющего, дружинника или доверенного лица. Встречается и другая трактовка: «иш» как «друг, товарищ» — тогда имя приобретает значение «товарищ бека», что тоже говорит о приближённом положении.

Географически фамилия Ишембитов почти наверняка башкирского происхождения. Модель образования «имя + -ов» типична для башкирских фамилий, которые оформлялись по русскому образцу в XIX — начале XX века, особенно после переписи населения. У татар чаще встречается вариант Ишембиев или Ишембиков, с суффиксами -ев и -иков. Фамилия Ишембитов с конечным -ов — это маркер того, что предки были учтены в документах именно как башкиры, либо жили в зоне активного русского административного влияния (Оренбургская, Уфимская губернии).

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Ишембит не было столь популярным, как, скажем, Ишмухамет или Ишбулат. Оно скорее локальное, бытовавшее в конкретном роде или ауле. Носители фамилии Ишембитов, скорее всего, происходят из одного корня, а не из множества независимых семей: в документах она встречается точечно, в основном в Башкортостане и соседних областях. Суффикс -ов здесь не несёт дополнительной смысловой нагрузки — он лишь адаптирует тюркское имя к русской системе фамилий, делая её наследуемой по мужской линии.