Фамилия Ишкузин — редкий случай, когда тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом, но не с самым распространённым. Вместо привычного -ов или -ев здесь -ин, что сразу выдаёт модель образования от существительного или имени, оканчивающегося на -а, -я. Получается, что в основе лежит имя или прозвище Ишкуза.

Ишкуза — это сложносоставное тюркское имя, где первая часть «иш» означает «работа», «дело», «труд», а вторая — «куза» (от «күз» или «көз») — «глаз», «взгляд», «окно» или, в некоторых диалектах, «источник». Вместе имя можно перевести как «трудолюбивый», «зоркий в работе» или «деловой взгляд». Такие имена были распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов. Встречается и вариант толкования, где «куза» связывают с «кузнец» (от тюркского «күзә» — кузница), тогда Ишкуза — «рабочий-кузнец», что тоже вполне правдоподобно, учитывая распространённость кузнечного ремесла.

Географически фамилия Ишкузин тяготеет к южному Уралу и Поволжью — к Башкортостану, Татарстану, Оренбургской области. Это типично для фамилий, возникших в среде башкир и татар, которые после вхождения в состав Русского государства в XVI–XVII веках постепенно переходили на русскую модель фамилии. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались у тептярей и мишарей — служилых и ясачных людей, часто занимавшихся земледелием и скотоводством.

С точки зрения социальной истории, носитель фамилии Ишкузин — скорее всего, потомок свободного общинника, а не дворянина или крепостного. Тюркские фамилии на -ин в этом регионе обычно несли память о личном имени предка, а не о владении землёй или титуле. Словообразовательный суффикс здесь — не просто грамматический элемент, а маркер того, что фамилия сложилась в крестьянской или служилой среде, где ценили практическое прозвище.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Ишкузина ошибочно записывают как искажённое «Ишкузин» от «Иш-Кузя» (где Кузя — уменьшительное от Кузьма), но это маловероятно: тюркская основа прослеживается чётко, и в исторических записях фамилия встречается именно в районах с тюркским населением. Ударение в фамилии обычно падает на последний слог: Ишку́зин.