Фамилия Ишмейкина — женская форма мужской фамилии Ишмейкин. В её основе лежит дохристианское имя или прозвище Ишмейка, которое образовано по типичной для русской народной антропонимии модели: к корню добавили уменьшительный суффикс -ейк- (ср. Ванька — Ванейка, Ивашка — Ивашейка). Корень здесь — ишм-, который напрямую отсылает к тюркскому имени Ишма (или Ишмухаммед, Ишмурат), где «иш» означает «друг, товарищ». Таким образом, Ишмейка — это ласковое или обиходное именование человека с тюркским именем на Ишм-.

Версия о происхождении от прозвища, связанного с глаголом «ишметь» (в некоторых говорах — «шуметь, галдеть»), маловероятна: этот глагол редок и не дал устойчивых прозвищ в центральной России. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии был крещёным татарином, башкиром или чувашом, получившим при крещении имя Ишмейка — русскую адаптацию тюркского личного имени. Фамилии на -ин/-ына в русской традиции обычно указывают на принадлежность: «чей сын?» — Ишмейкин, то есть сын Ишмейки.

Географически фамилия Ишмейкина встречается в Поволжье и Приуралье, особенно в Чувашии, Татарстане и Башкортостане, где активно шёл процесс христианизации нерусского населения. В метрических книгах XIX века такие фамилии фиксировали у крестьян и мещан, нередко — у новокрещённых инородцев. Сословная принадлежность предков могла быть разной, но чаще всего это крестьянство.

Особенность фамилии — сохранение тюркского корня в русской уменьшительной форме. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, которые образуются от полных имён, Ишмейкина закрепилась от ласкательного варианта, что говорит о бытовом, неофициальном происхождении: прозвище прижилось в семье и перешло в наследственное именование.