Фамилия Ишмикеев — один из тех случаев, когда корень уводит нас не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. Её основа — мужское имя Ишмике(й), которое представляет собой сложносоставную конструкцию. Первая часть «иш» в тюркских языках (татарском, башкирском, чувашском) означает «работа», «дело», «труд», а также «спутник», «товарищ». Вторая часть «мике(й)» — это, скорее всего, вариант имени Микаиль (библейский архангел Михаил), которое через исламскую традицию (Микаил — один из четырёх великих ангелов) вошло в обиход у многих тюркских народов. Таким образом, имя Ишмике можно перевести как «трудящийся Микаил» или «спутник Микаила» — типичное для домонотеистических культур пожелательное имя, где ребёнка отдавали под покровительство ангела.

Фамильный суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий, которая массово закреплялась у татарских и башкирских родов после присоединения Поволжья к Московскому государству. В отличие от -ов, суффикс -ев пишется после мягких согласных и гласных основы, поэтому в исходном имени Ишмикей конечный -й сменился на -ев. Это стандартная русификация тюркской фамилии: от отца Ишмикея его потомки стали Ишмикеевыми.

Географически фамилия привязана к регионам расселения татар и башкир — в первую очередь к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. Встречаются варианты написания Ишмикәев (с буквой ә) у башкир, что отражает местное произношение. В дореволюционных метрических книгах можно найти запись «Ишмикеевъ» с твёрдым знаком на конце.

Примечательная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, образованных от чисто арабских или персидских имён, основа Ишмике — гибридная. Соединение тюркского «иш» с семитским «Микаил» — редкий пример межкультурного скрещивания прямо в личном имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии жил в среде, где ислам уже укоренился, но тюркский язык сохранял главенство в быту.

Сословная принадлежность Ишмикеевых была разной. Основная масса — крестьяне-тептяри (сословие, близкое к государственным крестьянам, но платившее оброк отдельно) и башкиры-вотчинники. Однако в списках купцов и мещан Уфимской губернии конца XIX века эта фамилия тоже встречается, что говорит о социальной мобильности рода.