Фамилия Ишоеш — редкий случай, когда носитель почти наверняка знает, откуда она родом. Она не вписывается в славянскую модель образования, и её происхождение лежит за пределами русской ономастики. Это фамилия, которая ведёт прямиком в Среднюю Азию, а точнее — к еврейским общинам Бухары и Самарканда.

В основе фамилии лежит мужское личное имя Ишоеш, которое представляет собой вариант библейского имени Иешуа (Иисус Навин) в его среднеазиатской, бухарско-еврейской огласовке. В диалекте бухарских евреев звук «ш» часто заменял «с» или «ц», поэтому имя Ишоеш — это прямой аналог более привычного Ишо или Исаак, но с корнем, указывающим на «спасение» (от ивр. «йешуа»).

Фамилия образована по простейшей модели: имя отца стало фамилией сына. Никаких русских суффиксов -ов или -ин к ней не добавляли, что для фамилий азиатских евреев — обычное дело. В метрических книгах и советских паспортах фамилию записывали так, как слышали, поэтому варианты Ишоеш, Ишоэш или Ишаеш — это одна и та же фамилия, зафиксированная разными писарями.

Социальная история носителей фамилии типична для бухарских евреев: предки были ремесленниками, торговцами тканями и коврами, а также красильщиками. В конце XIX — начале XX века многие из них переселялись из Бухарского эмирата в Туркестан, а затем, после революции, — в Москву, Ташкент и другие крупные города. Фамилия Ишоеш — один из немногих «живых» маркеров, который безошибочно идентифицирует человека как потомка бухарской еврейской общины.