Фамилия Ишокина — женская форма фамилии Ишокин. Её основа, «Ишок», — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Исаак (в русской народной традиции — Исак, Исакий). В разговорной речи имя Исаак сокращали до Иша, Ишка, Ишок, добавляя суффикс -ок, который придавал оттенок ласки или принадлежности к младшему члену семьи. Таким образом, Ишокин буквально означает «сын Ишока» или «потомок Ишока».

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, родство. Фамилии на -ин чаще всего встречаются в северных и центральных регионах России, а также в Поволжье, где была распространена традиция называть детей уменьшительными формами крестильных имён. Имя Исаак в православных святцах есть, но встречалось оно нечасто, в основном в среде духовенства или старообрядцев, поэтому фамилия Ишокин — не самая массовая, а скорее редкая, локальная.

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с прозвищем Ишок от диалектного глагола «ишать» — кричать, шуметь. В этом случае прозвище мог получить голосистый или беспокойный человек. Однако, учитывая, что уменьшительные формы библейских имён в русской ономастике — явление частое, версия с именем Исаак выглядит убедительнее. Фамилия не имеет отношения к тюркским корням (например, к слову «ишак»), так как в русских говорах «ишок» никогда не значило «осёл» — это чисто славянская адаптация имени.

Встречаемость фамилии Ишокина в современных документах невелика. Её можно найти в записях метрических книг конца XIX века по Ярославской, Костромской и Вологодской губерниям, что подтверждает северное происхождение. Носительницы фамилии — потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени или прозвищу родоначальника.