Фамилия Иштубаев — один из тех случаев, когда корень слова почти наверняка ведёт в тюркские языки, а вот точное значение приходится восстанавливать по косвенным данным. Основа «Иштуба» распадается на две части: «иш» (работа, дело, занятие) и «туба» или «тубай». В башкирском и татарском языках «тубай» может означать «холм», «бугор» или «верхушка», а в некоторых диалектах — «главный», «старший». Таким образом, Иштубай — это сложное имя или прозвище: либо «главный по работе», «старшина дела», либо «рабочий холм» (что менее вероятно для личного имени).

Модель образования типична для тюркских фамилий, русифицированных суффиксом -ев. Изначально это было отчество: Иштубаев сын, то есть сын человека по имени Иштубай. Такие фамилии массово закреплялись в XIX — начале XX века, когда у башкир, татар и других народов Урало-Поволжья начали вводить обязательные фамилии по русскому образцу. Встречается фамилия преимущественно в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — это зона расселения башкир и татар, где ойконимы и антропонимы с корнем «иш» обычны.

Интересная деталь: в башкирском языке есть слово «иштебай» — «богатый делом», «занятой человек», и оно могло стать параллельным источником. Если так, то Иштубаев — это фамилия, указывающая на трудолюбивого, деятельного предка, возможно, ремесленника или организатора работ. Другие версии, связывающие корень с «иш» в значении «друг» или «товарищ», менее убедительны, потому что вторая часть «тубай» тогда не складывается в осмысленное целое.

Сословно фамилия не маркирована: её могли получить и крестьяне, и служилые люди (например, башкирские вотчинники), и купцы. В метрических книгах XIX века Иштубаевы встречаются среди тептярей и государственных крестьян. Сейчас фамилия редкая, за пределами Урала почти не фиксируется.