Фамилия Ишунбаева — редкий случай, когда географический и языковой анализ важнее разбора по частям, потому что на слух она кажется «непонятной» для носителя русского языка. На самом деле её происхождение прозрачно, если знать тюркскую ономастику. Фамилия женская, мужская форма — Ишунбаев.

Основа фамилии — составное тюркское имя Ишунбай. Первая часть «ишун» восходит к арабскому «ишан» (ишон, эшон), что в исламской традиции означает духовного наставника, главу суфийского ордена или уважаемого старца. В Средней Азии и в среде казанских татар это слово стало частью личных имён, подчёркивая почёт и религиозный авторитет. Вторая часть «бай» (бай, бей) — древнее тюркское слово «богатый, господин, хозяин». В составе имён оно указывало на состоятельность или знатное положение. Таким образом, Ишунбай дословно — «богатый (уважаемый) наставник» или «господин-ишан». Имя давали в семьях, ценивших религиозное образование и духовный авторитет.

Модель образования фамилии — русский патронимический суффикс -ев, присоединённый к тюркскому имени. Это типично для народов Поволжья, Урала и Казахстана, где в XIX–XX веках фиксировали фамилии по отцу: Ишунбай → Ишунбаев → сын Ишунбая. Фамилии на -ев, а не на -ин, указывают на основу, оканчивающуюся на согласный или «й» (Ишунбай → Ишунбаев). Женская форма Ишунбаева образована по стандартной русской модели.

Ареал фамилии узкий. По данным современных телефонных справочников и социальных сетей, основные носители живут в Башкортостане, Челябинской и Оренбургской областях, а также среди башкир и татар. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении от одного или нескольких родов, носивших имя Ишунбай. Сословно предки, скорее всего, были башкирами или татарами-мишарями, часто — из числа сельских мулл или зажиточных крестьян, так как имя несло религиозный оттенок.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, где «бай» стоит на первом месте (Баймуратов, Байтуганов), здесь оно на втором — «Ишунбаев», а не «Байишунов». Это подтверждает, что имя было именно двусоставным, а не перевёрнутым. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «ишак» или чему-то подобному — это чисто тюркское имя с духовным значением.