Фамилия Ишутченко — один из ярких примеров того, как на юге России и Украине переосмысливали общеславянские модели образования фамилий. В основе лежит древнерусское прозвище или уменьшительное имя Ишута, которое, в свою очередь, является производной формой от канонического имени Иоанн (в русском обиходе — Иван). Это типичная «фонетическая переработка»: от основы «Иван-» через ряд суффиксов (Иван → Иваш → Ишута) получилось ласковое, бытовое имя, которое и закрепилось за человеком.

Ключевая особенность фамилии — её суффикс -ченко. Если в великорусских землях от имени Ишута сделали бы фамилию Ишутин (с суффиксом принадлежности -ин), то на территории современной Украины и южных областей России использовали патронимический суффикс -енко. В буквальном смысле Ишутченко — это «сын Ишуты», «Ишутин сын». Эта модель (на -енко) была особенно популярна в казачьей среде и среди крестьянства Левобережной Украины в XVII–XVIII веках, и именно она отличает фамилию от более северных аналогов.

Само имя Иван, от которого всё пошло, было настолько распространено, что его производные формы исчисляются десятками. С XVI по XIX век среди русского крестьянства имя Иван охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Такая частотность породила огромное количество «ответвлений»: Ишута — лишь одно из них (сравните: Ишутко, Ишуня, Ишата). Фамилия Ишутченко, таким образом, стоит в одном ряду с Иващенко, Иванченко, Ващенко и другими, но сохраняет более редкий, «сжатый» вариант основы.

Географически фамилия тяготеет к южным областям — это типичный «чернозёмный» патроним. Если встречаете Ишутченко, можно с высокой вероятностью предполагать, что его предки жили на территории современной Украины, в Белгородской, Курской, Воронежской или Ростовской областях, где суффикс -енко был основным способом указать на происхождение от отца.