Фамилия Истюбеков — редкая, и её разговор о происхождении почти наверняка упирается в географию и личное имя предка. Судя по корню, это типичная русская «тюркская» фамилия, образованная по модели «тюркское имя + русский суффикс принадлежности -ов». Основа здесь — мужское имя Истюбек. Такие имена в прошлом бытовали среди татар, башкир, казахов и других тюркских народов.

Самый вероятный путь: Истюбек — сложное имя. Первая часть, «Истю», может восходить к тюркскому «исти» (горячий, жаркий, пылкий) или быть искажением от «Ис-» (сокращение от «Ислам»). Вторая часть, «бек», — распространённый титул и компонент имени, означающий «господин», «князь», «правитель». Таким образом, имя могло означать «горячий (пылкий) князь» или «верный господин». Важно: в тюркской ономастике имя давалось не как статус, а как пожелание или характеристика — например, чтобы мальчик рос решительным и уважаемым.

Суффикс -ов указывает, что фамилию дали по отцу: «чей? — Истюбеков сын». Это стандартная русская патронимическая модель, которая в XVI–XIX веках активно закреплялась за крещёными инородцами и служилыми татарами, переходившими на русскую службу. Фамилия Истюбеков могла возникнуть у потомков человека с этим именем, который жил в районах смешанного русско-тюркского населения — в Поволжье, Приуралье или в Сибири.

В редких случаях возможна иная версия: основа «Истюбек» могла быть прозвищем, образованным от названия местности или рода, но это менее правдоподобно, так как имя Истюбек фиксируется в именословах татар и башкир. В дореволюционных записях фамилия, скорее всего, встречалась в метрических книгах Казанской, Уфимской или Оренбургской губерний.

Сословно предки Истюбековых, вероятно, относились к государственным крестьянам, казакам или мелким служилым людям — тем, кто нёс сторожевую службу на окраинах. Фамилия не аристократическая, но и не крепостная: носители тюркских имён часто получали землю и свободу за верную службу. Сегодня фамилия встречается редко, её носители живут в основном в Татарстане, Башкортостане и в регионах Урала.