Фамилия Исымканова — женская форма мужской фамилии Исымканов, которая образована по тюркской модели с характерным суффиксом -ов/-ев, адаптированным к русской грамматике. Основа фамилии — имя Исымкан, которое, в свою очередь, восходит к двум тюркским корням: «Исым» (вариант имени Иса, то есть Иисус в исламской традиции) и «кан» (кровь, а в именах — «хан», правитель). Таким образом, Исымкан можно перевести как «хан Иса» или «царственный Иса» — составное имя, типичное для народов Центральной Азии, где к религиозному имени добавляли титул для усиления его значения.

География фамилии указывает на её происхождение в среде казахского, киргизского или каракалпакского населения. В этих культурах имена с компонентом «кан» (хан) были распространены в XIX — начале XX века, часто давались мальчикам в знак уважения к предкам или как пожелание благородства. Суффикс -ов/-ев в фамилии появился в результате русификации документов в советский период, когда кочевые народы получали фамилии по отцу или деду с добавлением русского окончания.

Словообразовательная модель Исымканова — притяжательное от имени отца: «сын (или дочь) Исымкана». В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, здесь он выполняет чисто грамматическую функцию, не меняя тюркского смысла основы. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Исымкан само по себе не было массовым — оно встречалось локально, в отдельных родах или аулах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Исаев, Исаков, Исатаев), то Исымканова стоит особняком из-за двойной основы: здесь не просто «Иса», а целое составное прозвище-титул. Это говорит о том, что предок носителя фамилии, вероятно, был уважаемым человеком в своей общине — либо старшиной, либо человеком, получившим имя в честь религиозного авторитета. Точных данных о сословной принадлежности нет, но в кочевых обществах такие имена не обязательно указывали на аристократию — их могли давать и простым скотоводам в знак благочестия.