Фамилия Ивотова — женская форма, а её мужской вариант — Ивотов. Основа фамилии — имя или прозвище Ивот. В русских говорах слово «ивот» не встречается как нарицательное, поэтому корень, скорее всего, в личном имени. Смотрим на модель: суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или нецерковных имён. Само имя Ивот могло быть производным от канонического Иван (в народной форме Ивот — через диалектное «Иво» или «Ивка» с добавлением суффикса -от). В ономастике известен ряд фамилий на -отов (Дротов, Клотов, Скотов), где основа — усечённое имя или прозвище, а суффикс -от- придаёт уменьшительно-ласкательный или просторечный оттенок. Похожая модель есть у фамилии Ивков (от Ивка — форма Ивана), но Ивотов стоит отдельно: суффикс -от- встречается реже, чем -к- или -ш-, что делает фамилию локально более редкой.

Географически фамилия Ивотовых встречается в основном в центральной России — в Тульской, Рязанской, Липецкой областях, а также в Поволжье. Это указывает на бытование прозвища в крестьянской среде, где ценилась краткая, «своя» форма имени. В документах XVI–XVII веков (по данным С. Б. Веселовского) встречаются люди с прозвищем Ивот, но без устойчивой фамилии — она закрепилась позже, уже в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали фамилии по имени или прозвищу отца. Таким образом, предок носителя фамилии Ивотов — человек, которого в быту звали Ивотом, то есть, вероятно, Иваном, но в ласковой или местной огласовке.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с рекой Ивот (приток Десны в Брянской области) или с селом Ивот (ныне посёлок в Брянской области). Тогда фамилия могла произойти от прозвища «ивотский» — «житель с реки Ивот» или «выходец из села Ивот». Однако топонимическая версия слабее: село Ивот известно с XVII века, но фамилия Ивотовых встречается и далеко за пределами Брянщины, что типично для антропонимической, а не топонимической модели. К тому же суффикс -ов- в русских фамилиях от названий мест обычно оформляется как -ский (Ивотский), а не Ивотов.

В итоге: фамилия Ивотова образована от нецерковного имени Ивот, которое с большой долей вероятности является народной формой имени Иван. Предки могли быть крестьянами или ремесленниками из центральных губерний России. Фамилия редкая, с нестандартным суффиксом, что выделяет её среди десятков «Ивановых» и «Иванцовых».