Фамилия Избойников — один из тех редких случаев, когда прозвище предка застыло не в очевидной профессиональной форме, а в виде отчества от коллективного термина. В основе лежит слово «избойник», но его значение неочевидно, и тут есть две основные версии, причём одна заметно правдоподобнее другой.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с географическим или хозяйственным термином. В русских говорах «избойником» могли называть человека, живущего в отдельной избе, то есть выделившегося из большой семьи в собственный дом. В условиях крестьянской общины, где несколько поколений часто ютились под одной крышей, переход в «избойники» означал обособление, иногда даже конфликт с роднёй. Прозвище могли дать тому, кто первым «отрубился» и поставил свою избу. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: сын Избойника — Избойников, то есть «чей?» — принадлежащий к роду Избойника.

Вторая версия — ремесленная. Слово «избой» в некоторых промыслах означало процесс обработки (например, избой льна или шерсти). Тогда «избойник» — это работник, занятый избоем, то есть трепанием, мятьём. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, слово «избойник» в значении «ремесленник» не зафиксировано в словарях как устойчивое; во-вторых, для таких профессий чаще использовали названия по орудию труда (трепальщик, мяльщик) или по продукту.

Суффикс -ов- стандартен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на твёрдый согласный. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Избо́йников, хотя в живой речи встречается и вариант на окончание.

Географически фамилия редкая, встречается точечно, преимущественно на севере и северо-востоке европейской России — в бывших Вологодской, Архангельской, Вятской губерниях. Это косвенно подтверждает «избяную» версию: именно в этих регионах долго сохранялся обычай ставить отдельные избы для женатых сыновей, и термин «избойник» мог бытовать в местных говорах. В дворянских родословных книгах фамилия не значится — её носителями были, скорее всего, государственные или монастырские крестьяне, реже — посадские люди.

Однокоренных фамилий немного: Избоев, Избенков. Но Избойников стоит особняком — в ней слышен не столько человек, сколько его жильё, его место в общине. Предок, получивший это прозвище, вероятно, был тем самым «отделившимся» хозяином, который решил жить своим умом.