Фамилия Изокайтене — редкий случай, когда носитель почти наверняка знает, откуда она родом. Её структура не оставляет сомнений: это литовская фамилия с характерным суффиксом -ене. В литовской антропонимике суффикс -ене (реже -увене) образует женскую форму от мужской фамилии, указывая на замужнюю женщину. То есть Изокайтене — это «жена Изокайтиса» или, в более широком смысле, женщина из рода Изокайтисов. Мужская форма, Изокайтис, в свою очередь, образована от основы «Изокайт-» с помощью патронимического суффикса -айтис, который в литовском языке означает «сын такого-то» или «потомок».

Корень «Изокай-» (Izokai-) — самая спорная часть. Вероятнее всего, он восходит к литовскому слову iška или iža — «щель», «трещина», «расселина», либо к izoti — «рвать», «раздирать». В таком случае прозвище Изокайтис могло означать «живущий у расселины», «тот, кто живет в овраге» или, образно, «рваный», «оборванец». Менее правдоподобна связь с личным именем Изидор (лит. Izidorius) через сокращение Изо, так как суффикс -айтис в этом случае был бы нетипичен — для отчества от христианских имен чаще использовали суффикс -явичюс.

Географически фамилия привязана к Литве, особенно к Жемайтии и Аукштайтии, где распространен тип фамилий на -айтис. В России и Беларуси она почти не встречается, что делает её маркером литовского происхождения. Если ваш предок носил фамилию Изокайтене, он был крестьянином или мелким ремесленником из западной или центральной Литвы, а сама фамилия, скорее всего, закрепилась в XIX веке, когда литовцам официально присваивали фамилии по месту жительства или прозвищу. Единственная альтернативная версия — что основа «Изокай-» происходит от названия хутора или урочища, но таких топонимов в современных источниках не зафиксировано, поэтому прозвищная версия выглядит убедительнее.