Фамилия Кааргодина — редкая, её корни уходят в финно-угорскую языковую среду, скорее всего, в Карелию или Ингерманландию. Основа «Каар» восходит к карельскому или финскому имени Kaarle (аналог русского Карл, в народной форме — Карья или Каар). Суффикс «-годин» — искажённый вариант русского патронимического суффикса «-один», который в северных говорах часто присоединяли к иноязычным основам. Получается, что Кааргодин — это «сын Каарле» или «потомок Каары». Женский вариант фамилии Кааргодина закрепился за женщинами в семье, но исторически форма на «-а» могла принадлежать и мужчине, если фамилия не склонялась по роду в документах XIX века.

Географически фамилия привязана к территориям бывшего Великого княжества Финляндского в составе Российской империи. Переселенцы с финским или карельским именем, попав в русскоязычную среду, получали фамилию по отцу: «Кааргодин» буквально значило «из рода Каары». В метрических книгах Олонецкой губернии и Санкт-Петербургской губернии встречаются похожие образования — Каргодин, Каргополов, где основа та же, но адаптирована под русское ухо.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом. На карте Карелии есть деревня Каарго (в Выборгском районе Ленинградской области) — название могло дать прозвище «Кааргодский», которое затем сократили до Кааргодин. Но в таком случае фамилия скорее писалась бы как Кааргодский, а не Кааргодин. Поэтому версия с личным именем выглядит убедительнее.

Фамилия Кааргодина — яркий пример того, как финно-угорское имя обросло русским фамильным суффиксом на границе двух культур. Носители такой фамилии — потомки либо карельских крестьян, либо ингерманландских финнов, которые в XVIII–XIX веках переходили в православие и получали русские фамилии по отчеству. Встречаемость фамилии крайне низкая, в современных базах данных она единична, что делает её ценной для генеалогического поиска: каждый известный случай — почти наверняка ветвь одного рода.