Фамилия Кабганилов — редкая и неочевидная по корню. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов) или профессий (Кузнецов), основа «Кабган» не встречается в словарях ни как имя, ни как прозвище. Это заставляет искать её происхождение за пределами славянского ареала.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках корень «каб» или «кап» часто связан с ёмкостью, мешком, сосудом (сравните: капкан — ловушка, «кап» как закрытая полость). Форма «Кабган» могла быть прозвищем человека с определёнными чертами характера или внешности, либо обозначением ремесленника, изготавливающего мешки, сундуки или кожаную тару. Суффикс -ил- в подобных фамилиях встречается в тюркских заимствованиях (сравните: Байгузилов, Туктагулов), где -ил- может быть частью сложного имени или прозвища. Таким образом, Кабганилов — русифицированная форма тюркского прозвища Кабган (или Кабганыл) с добавлением русского патронимического суффикса -ов.

Менее убедительна, но возможна связь с арабским словом «каб» (каблук, пята) или «каба» (верхняя одежда). В этом случае прозвище могло относиться к портному или торговцу одеждой. Однако прямых лингвистических параллелей в русских фамилиях мало, поэтому эта версия уступает тюркской по правдоподобию.

Географически фамилия Кабганилов, скорее всего, привязана к регионам Поволжья, Урала или Южной Сибири, где исторически был силён тюркский субстрат. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: возможно, родоначальник был выходцем из одной деревни или аула, где его прозвище закрепилось в документах при переписи. Сословно предки могли быть государственными крестьянами, казаками или мещанами — дворяне с такой фамилией в родословных книгах не зафиксированы.

По структуре фамилия прозрачна: корень Кабган-, суффикс -ил- (если считать его частью основы) и окончание -ов, указывающее на принадлежность («чей?» — сын Кабгана). Ударение, судя по аналогичным фамилиям, падает на третий слог: Кабгани́лов.