Фамилия Качюсов — редкий случай, когда написание почти полностью выдаёт происхождение. Буква «ю» после «ч» нехарактерна для исконно русских фамилий: в них после шипящих пишут «у» (Чугунов, Чумаков). «Качюсов» — это русская передача литовской или, реже, польской фамилии, записанной на слух. В оригинале она звучала бы как Kačiusas или Kaczus. Суффикс -ов в данном случае не славянский патронимический, а русифицирующий: его добавили при оформлении документов, чтобы фамилия вписалась в русскую модель.

Основа «Качюс» восходит к литовскому личному имени Kačius, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой от имени Kazimieras (Казимир) или реже от Kacper (Каспер). В литовской ономастике суффикс -ius образует краткие, обиходные варианты крестильных имён. Таким образом, предок носителя фамилии был, скорее всего, литовцем или жителем бывшего Великого княжества Литовского, которого в официальных бумагах называли по-домашнему — Качюс, а его потомков, перешедших в русское подданство, записали как Качюсовы.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — Ковенской, Виленской, Гродненской. После отмены крепостного права и особенно в ходе столыпинских реформ литовские крестьяне переселялись в Сибирь и на Дальний Восток, поэтому сегодня Качюсовых можно встретить и там. В отличие от фамилий на -инос (Качюс — Качюсов), вариант без суффикса (просто Качюс) остался бы чисто литовским, без русификации.

Сословно, скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия. Дворянские литовские роды обычно сохраняли исходную форму на -ус или -ис и не получали русских суффиксов. Написание «Качюсов» — бытовое, канцелярское: писарь записал фамилию так, как услышал, не задумываясь о правилах русской орфографии. Поэтому ударение, вероятно, на первом слоге — Кáчюсов, хотя в речи встречаются варианты на второй слог.