Фамилия Кафалинус — редкий пример того, как звучание может скрывать истинное ремесло предка. В основе, скорее всего, лежит не греческое или латинское слово, а балтийская фамилия Кавалинус (или Ковалинус). Она, в свою очередь, образована от прозвища Коваль — «кузнец». Переход «в» в «ф» и оглушение согласных — типичное явление для устной речи и при смене языка записи: балтийский корень *kalvis (кузнец) в польском или литовском оформлении мог быть записан как Kowal, а затем, при адаптации в русской среде, превратиться в Кафал-.

Суффикс -инус — почти всегда маркер полонизированной или латинизированной формы. В Речи Посполитой фамилии на -inus часто давали детям мещан и крестьян при записи в церковные книги на латыни: Kowal превращался в Kowalinus. Так же появились Кавалинус, Ковалинус, а позже — Кафалинус. Если бы фамилия была исконно греческой, мы ожидали бы окончание -опулос или -идис, но -инус указывает на западнорусские или польские земли.

Таким образом, носитель фамилии Кафалинус — потомок кузнеца, чью фамилию «облатинили» при записи, а затем переозвучили на русский лад. По сословной принадлежности предки могли быть мещанами или государственными крестьянами западных губерний Российской империи. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальное происхождение и нестандартный путь фонетического развития.