Фамилия Кагъя образована от крымчакского прозвища Кагъя, восходящего к древнетюркскому слову «кагъя» со значением «управляющий, интендант, деревенский старшина». Таким образом, прозвище Кагъя указывает на род занятий предка и обозначает человека, занимающего в поселении управляющую должность.