Фамилия Какаисова — редкий пример, где суффикс -ов- соединился с основой, которая не похожа на привычное славянское имя или прозвище. Скорее всего, в её основе лежит тюркское или кавказское личное имя Какай (или Кака). В ряде тюркских языков «кака» означает «старший брат», «дядя» или уважительное обращение к старшему мужчине. Имя Какай могло даваться ребёнку как пожелание стать опорой в семье или как прозвище за серьёзность не по годам.

Суффикс -ов- в этой фамилии не славянский по происхождению, а адаптационный. Когда носители тюркских или кавказских имён попадали в русскую документальную среду (при переписях, рекрутских наборах, в метрических книгах), их отчества и фамилии оформляли по русской модели: к основе добавляли -ов/-ев. Так из Какая получился Какаисов, а женская форма Какаисова закрепилась за дочерью или женой. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кака́исова.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла восходить к греческому имени Какой (Κακὸς) — в переводе «плохой», «злой». Такие «обережные» имена давали, чтобы отвести от ребёнка сглаз: считалось, что злые духи не позарятся на «плохого». Но для фамилии Какаисова эта гипотеза слабая — греческий компонент в русских фамилиях встречается в основном у потомков духовенства, а суффикс -ис- для такой модели нехарактерен.

Фамилия редкая и географически привязана к регионам, где пересекались славянские и тюркские культуры — например, к Северному Кавказу, Поволжью или югу России. В дореволюционных списках она почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении (XIX — начало XX века). Носительницы фамилии Какаисова, вероятно, происходят из семей, где предок получил прозвище или имя Какай, а при паспортизации в советское время фамилию записали по отцу.