Фамилия Каковякшина — редкий пример, где необычное звучание скрывает не менее необычную словообразовательную историю. С первого взгляда кажется, что перед нами фамилия с суффиксом -ин, типичным для русского Севера и Поволжья. Но основа «Каковякш» ставит в тупик: в русском языке нет такого слова.

Чтобы понять корень, нужно обратиться к финно-угорскому субстрату, который оставил глубокий след в топонимике и фамилиях русского Севера. Слово «Вякша» или «Векша» — это древнерусское название белки, а также мелкой денежной единицы (беличьих шкурок). Однако приставка «Како-» здесь явно иноязычная. Вероятнее всего, основа восходит к коми или удмуртскому языкам, где «как» или «кок» может означать «кукушка», «короткий» или быть частью составного имени. Таким образом, «Каковякш» могло быть прозвищем или дохристианским личным именем, которое сложилось из двух частей: «как» (кукушка) и «вякш» (белка). Такие составные имена были характерны для финно-угорских народов, а затем через смешанные браки перешли в русскую среду.

С точки зрения географии, фамилия с таким корнем почти наверняка локализуется в зоне бывшего Новгородского Севера или Вятской губернии — на стыке расселения русских и коми-зырян. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Каковякши. Первым носителем прозвища мог быть человек с необычным характером (суетливый, как белка, или крикливый, как кукушка), либо тот, кто занимался пушным промыслом.

В современных справочниках фамилия Каковякшина встречается редко и в основном в варианте Каковякшин (мужская форма). Это говорит о том, что род не был многочисленным и не дал массовых ответвлений. В отличие от фамилий на -ов, которые доминируют в центральной России, формы на -ин чаще сохраняют локальный колорит и прямую связь с прозвищем, а не с профессией отца. Споров о происхождении почти нет: альтернативная версия, связывающая фамилию с тюркским «как» (твёрдый), менее убедительна, так как сочетание «вякш» явно указывает на северные финно-угорские корни.