Фамилия Калауя — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее, чем значение корня. Она почти наверняка несёт в себе тюркское или кавказское наследие, и её носители в России, скорее всего, имеют корни в Крыму, на Северном Кавказе или в Поволжье. Сама основа «калау» или «кала» в тюркских языках означает «крепость», «город» (сравните с «кала» в названиях многих крепостей). Вторая часть — «уя» — может быть искажённым суффиксом принадлежности или частью личного имени.

Словообразовательная модель здесь нетипична для исконно русских фамилий. В русском языке нет суффикса «-уя», который бы образовывал фамилии от нарицательных слов. Это прямо указывает на заимствованную основу. Фамилия могла возникнуть как русифицированная форма тюркского прозвища Калаулы — «тот, кто из крепости», «крепостной». В таком случае суффикс «-я» в русской записи заменил тюркский аффикс принадлежности. Альтернативная версия — происхождение от крымскотатарского имени Калау, которое, в свою очередь, могло быть образовано от слова «калау» (сторожить, охранять) — то есть «стражник», «охранник крепости».

Фамилия Калауя встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и в Крыму, что подтверждает её крымскотатарские или греко-тюркские корни. Встречаются варианты написания Калауй, Калауев, но форма на «-я» — самая редкая и архаичная. В дореволюционных метрических книгах Таврической губернии можно найти записи о Калауя — скорее всего, это были выходцы из деревень с тюркским населением, занимавшиеся земледелием или ремеслом.

Спорных версий немного, и все они слабы. Например, попытка связать фамилию с греческим «калос» (красивый) не выдерживает критики — суффикс «-уя» для греческих фамилий в Причерноморье нехарактерен. Гораздо правдоподобнее, что перед нами один из тех редких случаев, когда фамилия сохранила не просто прозвище, а целую топонимическую характеристику — указание на место жительства предка, которое звучало как «из крепости» или «у крепости».