Фамилия Калгудина — редкий случай, когда основа слова почти наверняка не славянская, а тюркская, и разбирать её стоит именно с этого угла. В русских фамилиях на -ин суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Калгудин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Калгуда. Само же прозвище Калгуда, скорее всего, восходит к тюркскому имени или титулу «Калга» (иногда «Калгай»).

В тюркской, особенно крымско-татарской и ногайской, иерархии «калга» — это второй по значимости человек после хана, наследник престола. В османском контексте слово могло означать «оставленный», «назначенный» (в смысле «оставленный править»). Если предположить, что прозвище дали не знатному вельможе, а человеку, который служил при таком правителе или даже получил это слово как ироничное прозвище за властный характер, модель типична: русские крестьяне или казаки нередко перенимали и переосмысливали тюркские титулы (вспомните фамилии Мурзин, Князев того же корня, но с русским суффиксом).

Вторая, менее вероятная версия — от диалектного глагола «калгаться» (качаться, шататься) или слова «калга» в значении «кривое дерево, коряга». Но такая основа дала бы фамилии Калганов, Калгин, а не Калгудин. Суффикс -уд- в русских фамилиях нетипичен, поэтому он почти наверняка входит в тюркскую основу (Калгуда — имя или прозвище с конечным -а, которое при русификации дало -ин).

Географически фамилия Калгудина встречается в основном в Поволжье и на Южном Урале — в зоне активных контактов русских с татарами, башкирами и казахами. Это косвенно подтверждает тюркскую версию. Предки носителей фамилии, скорее всего, были либо служилыми людьми на южных границах, либо крестьянами, получившими прозвище от соседей-тюрков. Сословная принадлежность могла быть разной: от однодворцев до государственных крестьян, но дворянских корней у фамилии нет — в родословных книгах она не фиксируется.