Фамилия Калиншин — редкий случай, когда суффикс заставляет сомневаться в происхождении. Если бы фамилия оканчивалась на «-ин», вопросов бы не было: Калин — Калинин — «чей?» — «сын Калины». Но здесь «-шин», и это меняет картину.

Самый вероятный источник — не имя Калина, а прозвище или мирское имя Калинша. В русских говорах суффикс «-ша» нередко образовывал уменьшительные или уничижительные формы: Калинша — «маленький Калина» или «Калина, которого не уважают». От такого прозвища фамилия Калиншин строится по той же модели, что и Фоминшин от Фоминша, или Гришин от Гриша. То есть предок мог зваться Калиншей, и его дети стали Калиншиными.

Вторая версия, более спорная, — искажение при переписи. В документах XIX века фамилию Калиншин могли записать вместо Калинкин (от Калинка) или Калинишин (от Калиниш, диалектная форма от Калина). Но такое смешение встречается редко и не объясняет устойчивости формы.

Корень «калин-» в любом случае отсылает либо к растению калина, либо к каноническому имени Каллиник (греч. «добрый победитель»), которое в народе сократили до Калина. В пользу имени говорит то, что Калина было распространённым мирским именем у русских, украинцев и белорусов. Калиншин, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия — у дворян такие модели с уменьшительным суффиксом почти не встречались.

Географически фамилия редкая, встречается в центральных областях России и на юге, где имя Калина было особенно популярно. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова прямого упоминания Калиншина нет, но модель образования типична для восточнославянских фамилий на «-шин» от основ на «-ша».