Фамилия Калкунова — женская форма от Калкунов, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Сразу бросается в глаза нетипичная основа: Калкун- почти не встречается в славянских именах и прозвищах. Скорее всего, перед нами тюркское заимствование. В ряде тюркских языков, особенно в башкирском и татарском, «калкун» означает «индюк» или «индейка». Прозвище Калкун могли дать человеку за важную, надутую походку, за яркий наряд или за привычку громко и бестолково говорить. Такие «птичьи» прозвища (Гусь, Петух, Индюк) были распространены в крестьянской среде и на юге России, и в Поволжье.

Формант -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Калкунов — сын Калкуна. Фамилия образована в XVI–XVII веках, когда прозвища активно превращались в наследственные фамилии у крестьян и служилых людей. Географически фамилия редкая, её очаги можно искать в регионах с сильным тюркским влиянием: в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской или Самарской областях.

Есть и менее вероятная версия: связь с диалектным русским словом «калкун» — так в некоторых говорах называли кошель или мешок для денег. Тогда прозвище могло относиться к бережливому, запасливому хозяину. Но тюркская этимология убедительнее хотя бы потому, что русские «денежные» прозвища обычно строились на словах «мошна», «кошель» или «калита», а не на «калкун». Так что предок носителей фамилии Калкунов с высокой вероятностью был человеком, которого в деревне дразнили Индюком — за характер или внешность.