Фамилия Калнкина не имеет никакого отношения к ягоде калине, несмотря на внешнее сходство. Её основа — мужское крестильное имя Калинник, которое пришло на Русь из Византии вместе с православием. Греческое имя Каллиникос (Καλλίνικος) составлено из двух слов: kallos — «красота» и nike — «победа», то есть в буквальном переводе означает «победоносный красавец» или «добрая победа». В русском быту длинное и непривычное имя быстро сократили до простых и удобных форм — Каля, Калина, Калинка. Именно от такой обиходной формы, скорее всего Каля или Калинка, и пошла фамилия Калнкина.

При этом суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Калнкина буквально значит «жена или дочь Калнки». Фамилии на «-ин» чаще всего встречались на севере и в центральных областях России, в отличие от южных и восточных регионов, где преобладали фамилии на «-ов/-ев». Таким образом, предки носительницы фамилии Калнкина жили, вероятнее всего, в северных или центральных русских землях.

Интересно, что написание «Калнкина» (с пропущенной гласной «и» в корне) — это результат упрощения произношения. В живой речи имя «Калинка» часто произносилось бегло, как «Калнка», и это разговорное произношение закрепилось в документах, когда фамилию записывали со слов. Встречаются и другие варианты этой фамилии — Калинкин, Калинкина, но форма Калнкина встречается реже и потому особенно интересна: она сохранила именно устное, народное звучание, без книжного восстановления полной гласной.