Фамилия Калсынов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного славянского корня, который сразу подсказал бы значение. Чтобы разобраться, нужно отталкиваться от суффикса и возможной этнической основы.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Значит, предка звали Калсын. Само имя или прозвище Калсын — не славянское и не календарное (не из святцев). Скорее всего, это тюркское или монгольское имя, адаптированное в русской среде. В тюркских языках корень «калс-» или «калсын» может означать «останься», «будь» — так называли ребёнка, которого хотели уберечь от болезней или смерти (имя-оберег, значение «пусть останется жить»). В казахском и башкирском языках есть имя Қалсын с похожей семантикой.

Другая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «калсын» из говоров Поволжья или Сибири, где оно могло означать «остаток», «последыш» (последний ребёнок в семье). Но такая основа не зафиксирована в словарях русских говоров как распространённая.

Географически фамилия Калсынов встречается в основном в регионах с тюркским населением или в зонах смешанного проживания: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также у казахов, перешедших на русский лад оформления фамилий. Предки носителя фамилии, вероятно, были крещёными татарами, башкирами или казахами, которые получили фамилию по имени отца (Калсын) при переходе в православие или при записи в метрические книги.

В написании фамилии возможны варианты: Калсынов, Калсин, Калсанов — но форма с суффиксом -ов и буквой «ы» в корне наиболее устойчива. Вариант с «и» (Калсинов) встречается реже и может быть результатом ошибки при записи или русификации.