Фамилия Канаркина образована от прозвища или мирского имени Канарка. В русской ономастике эта фамилия — не про птичку, а про человека, который мог быть певчим, обладателем звонкого голоса, или же тем, кто торговал канарейками. В XIX веке канареек держали в домах как символ достатка и уюта, а разведение этих птиц было целым ремеслом, особенно в тульских и калужских краях. Поэтому предок Канаркиных мог быть либо певчим в церковном хоре (за сходство голоса с птичьим), либо птицеловом и продавцом певчих птиц.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Канаркин — сын Канарки, то есть человека с прозвищем Канарка. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от основ на согласный, Канаркин стоит в ряду таких фамилий, как Соловьин, Дроздин, Воробьин — все они указывают на прямую связь с конкретным прозвищем, а не на профессию отца.

Стоит отметить, что в русских говорах слово «канарка» могло иметь и переносное значение: так называли бойкую, нарядную женщину или девушку. Поэтому в отдельных случаях фамилия могла закрепиться за потомками женщины с таким прозвищем. Однако это менее вероятно: фамилии по матери (матрилинейные) в крестьянской среде встречались редко и обычно возникали в ситуациях, когда отец был неизвестен или умер.

Географически фамилия Канаркина встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и южным регионам России — Тульской, Рязанской, Воронежской областям. Это совпадает с ареалом разведения канареек в дореволюционной России. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Канаркина нет, что говорит о её относительной редкости по сравнению с однокоренными «птичьими» фамилиями. Тем не менее, словообразовательная модель прозрачна, и сомнений в происхождении от прозвища Канарка не возникает.