Фамилия Канатикова — женская форма фамилии Канатиков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Канатик, которое, скорее всего, образовано от слова «канат». В русском языке «канат» — это толстая верёвка, используемая в морском деле, строительстве и ремёслах. Прозвище Канатик могли дать человеку, который занимался изготовлением, продажей или использованием канатов: канатчику, корабельному такелажнику, бурлаку или грузчику. Слово «канат» пришло в русский язык из греческого (через посредство итальянского или немецкого), что указывает на возможную связь с торговыми или ремесленными профессиями, распространёнными в портовых городах.

Суффикс -ик в основе Канатик является уменьшительным, но в фамилиях он не обязательно указывает на малый рост или возраст. Часто такие суффиксы служили для обозначения лица по профессии или характерному признаку (ср. Рыбак — Рыбачик, Сапожник — Сапожничек). Таким образом, Канатик — это не «маленький канат», а «тот, кто связан с канатами». Модель образования фамилии через суффикс -ов (Канатиков) — стандартная для русских фамилий: она указывает на принадлежность к роду человека по имени или прозвищу Канатик (буквально «сын Канатика»).

В русской ономастике фамилии на -иков встречаются реже, чем на -ов или -ин, но они не являются редкостью. Их особенность — двойная суффиксация: сначала -ик (указывает на носителя признака), затем -ов (указывает на принадлежность). Это делает фамилию Канатиков более «говорящей» по сравнению с простыми отыменными фамилиями: она прямо указывает на ремесло предка. Географически фамилия могла возникнуть в регионах с развитым речным или морским судоходством, например, на Волге, Дону, в северных губерниях или на Черноморском побережье, где канатное дело было востребовано.

Встречаются также однокоренные фамилии: Канатов, Канатчиков. Последняя — более прямая, от слова «канатчик» (мастер, делающий канаты), в то время как Канатиков могла быть образована от бытового прозвища, которое со временем утратило свою уменьшительную окраску. Спорных версий у этой фамилии немного: некоторые исследователи допускают связь с тюркским словом «канат» (крыло) или с греческим именем Канатос, но для русской среды версия с ремеслом выглядит наиболее логичной и подтверждается словообразовательной моделью. Сословно предки Канатиковых могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми, но точных данных о распространении фамилии среди дворян или купцов нет — скорее всего, это фамилия ремесленного сословия.