Фамилия Канибал — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью совпало с современным словом, но имело иное значение. Вопреки пугающему созвучию со словом «каннибал», корень здесь — тюркский, а не латинский. Основа «каныбал» или «каныбай» (от тюркского «кан» — кровь, «бал» — мёд, либо «бай» — богатый) могла означать «кровавый мёд» или «кровный богач». В тюркских языках это имя-оберег, которое давали ребёнку, чтобы отвести от него злые силы: считалось, что страшное или неблагозвучное прозвище сделает мальчика незаметным для духов.

Словообразовательная модель — без суффикса, фамилия застыла в форме чистого прозвища. Такое оформление характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где окончание -а не указывает на принадлежность (как -ов/-ин), а фиксирует само прозвище. В русских говорах фамилия могла закрепиться через форму Канибалов (с суффиксом -ов), но исходный вариант Канибал встречается реже и указывает на более прямое наследование прозвища.

В ономастике нет единого мнения о географии фамилии. Единичные носители встречаются в Поволжье и на Южном Урале — регионах, где исторически сильны тюркские влияния. Возможно, предок носителя был башкиром, татарином или казахом, принявшим православие, и его родовое имя адаптировалось к русской системе фамилий. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с греческим словом «канибас» (корзина, плетёное изделие), но такая этимология не подтверждается словарями тюркских заимствований.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Канибаев, Канибалов, Каныбаев — показывает, что основа почти всегда имеет тюркский след. Фамилия Канибал стоит особняком из-за своей графической формы, которая в русском языке случайно совпала с европейским термином. Никаких данных о дворянском происхождении или широком распространении фамилии в исторических документах нет: это редкая, локальная фамилия, образованная от прозвища, которое со временем потеряло свой первоначальный смысл.