Фамилия Каниковский — фонетический вариант более распространенной фамилии Кониковский. Обе они восходят к прозвищу Коник, которое в старину было весьма употребительным. «Коником» могли назвать человека, имевшего отношение к лошадям: конюха, объездчика, владельца доброго коня или того, кто торговал лошадьми. В некоторых говорах так называли столяра, делавшего конники — лавки с резной головой коня. Суффикс -ский типичен для польской, украинской и западнорусской ономастики: он указывает на принадлежность к роду или местности. То есть Каниковский — это «потомок Коника» или «человек из Каникова».

Вторая версия связывает фамилию с географическим названием. Деревни и села с именем Каниково встречаются в Алтайском крае, Саратовской и Псковской областях. Такое прозвище мог получить выходец из одного из этих мест — так крестьянину, переселившемуся в другое село, давали фамилию по покинутой родине. В пользу топонимического происхождения говорит и то, что фамилия бытует в форме Каниковские (множественное число), характерной для шляхетских родов: так могли называть целую семью, владевшую или жившую в Каникове.

Фамилия Каниковский — памятник славянской культуры, но точное место и время её возникновения можно установить только в ходе серьёзных генеалогических изысканий. Процесс формирования фамилий был долгим и не всегда привязан к одной местности. Ясно одно: основатель рода получил своё прозвание не случайно — либо по роду занятий, связанному с лошадьми, либо по месту, откуда он родом.