Фамилия Канходжаев — один из тех случаев, когда географический и этнический ключ лежит на поверхности, но разбор самого имени требует внимания. Это фамилия, характерная для народов Средней Азии, в первую очередь для узбеков и таджиков, и её носители чаще всего встречаются в Узбекистане, Таджикистане, а также среди выходцев из этих регионов в России.

Словообразовательная модель типична для русифицированных фамилий тюркского и иранского происхождения: к основе добавлен русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих). В оригинале фамилия звучала бы как Канходжаев, где -ев указывает на «сын Канходжи». Основа — составное имя Канходжа. Первая часть, «кан», восходит к тюркскому «кан» — кровь, а в переносном смысле — род, происхождение (ср. «канглы» — знатный род). Вторая часть, «ходжа» (от персидского خواجه, ходжа), — почётный титул, означающий господина, хозяина, а в исламской традиции — потомка пророка или духовного наставника.

Таким образом, имя Канходжа буквально переводится как «кровный ходжа» или «знатный ходжа». Вероятнее всего, это имя-пожелание или указание на происхождение из уважаемого рода, где титул ходжи сочетался с идеей благородной крови. В ономастике Средней Азии такие двусоставные имена с компонентом «ходжа» (например, Ходжамурад, Ходжаназар) были распространены среди потомков пророка Мухаммеда или просто среди влиятельных духовных лиц.

Спорных версий здесь немного. Иногда первую часть связывают с тюркским «кан» как «хан» (в диалектах редуцированное), но это менее вероятно: форма «ханходжа» встречается, но реже. Правдоподобнее видеть в «кан» именно указание на кровное родство, подчёркивающее, что титул ходжи не приобретён, а унаследован.

Предки носителя фамилии Канходжаев, скорее всего, принадлежали к духовному сословию или к местной знати, связанной с исламским образованием. В XIX — начале XX века такие фамилии фиксировались в метрических книгах и списках населения Туркестанского края, когда русская администрация адаптировала местные имена под паспортную систему, добавляя фамильные окончания. Сейчас фамилия остаётся маркером среднеазиатского происхождения, но её носители живут по всему бывшему СССР, и точную родословную без семейных преданий восстановить трудно.