Фамилия Каныганов — редкая и неочевидная для бытового восприятия. На первый взгляд в ней слышится что-то иноязычное, но на деле это чисто русская фамилия, образованная по стандартной патронимической модели. Разберём её по косточкам.

Основа — слово «каныга». В русских говорах, особенно в сибирских и уральских, каныгой называли бродягу, беглого каторжника, бездомного скитальца. В словаре Владимира Даля это слово зафиксировано именно с таким значением. Происхождение тёмное: возможно, из тюркских языков (ср. «каны» — кровь, «канг» — странствие) или из угро-финских, но в русском языке оно прижилось как прозвище человека, который «каныжит» — побирается или шатается без дела. Соответственно, Каныга — прозвище, а Каныганов — потомок Каныги.

Суффикс -анов указывает на принадлежность: чей? — Каныганов, то есть сын, внук или слуга человека по прозвищу Каныга. Это типичная модель для фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей. В дворянской среде такая фамилия почти не встречается — слишком низкое, уничижительное прозвище для родословной книги.

Географически фамилия тяготеет к северу и Сибири. В переписях XIX века Каныгановы изредка фиксировались в Вологодской и Вятской губерниях, а также среди старообрядцев Забайкалья. Это логично: именно в этих краях слово «каныга» было в ходу, и именно туда ссылали бродяг, чьи потомки и получили такую фамилию.

Есть и альтернативная версия: от тюркского имени Каныга (в значении «кровный», «родной»). Но она слабая — в русских фамилиях на -анов тюркские основы обычно дают более прозрачные формы (вроде Батыров или Ахметов), и маловероятно, что имя Каныга дало бы фамилию с таким же суффиксом, не оставив следов в других регионах. Куда правдоподобнее, что перед нами прозвищная фамилия, отражающая социальный статус или образ жизни предка.