Фамилия Капгук звучит для русского уха необычно, и неслучайно: её происхождение, скорее всего, не славянское, а тюркское или монгольское. В русском языке у неё нет прозрачной внутренней формы, нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Основа «кап» может восходить к тюркскому «кап» — мешок, сосуд, вместилище, а «гук» (или «кук») в некоторых тюркских и монгольских языках означает «синий» или «небо». Составное прозвище Капгук могло означать «синий мешок» или «небесный сосуд» — возможно, так прозвали человека за привычку носить с собой большую сумку или за цвет одежды.

Вторая версия связывает фамилию с калмыцким или бурятским именем Капгук, где «гук» — это «счастье», «благополучие». Тогда Капгук — это охранительное имя, которое давали ребёнку, чтобы привлечь удачу. Встречаются фамилии с похожей структурой у калмыков, тувинцев и алтайцев, а также у народов, испытавших влияние монгольской культуры.

На русской почве такая фамилия — явление редкое. Она могла закрепиться у потомков крещёных татар или представителей сибирских народов, переселившихся в центральные губернии. В письменных источниках XVIII–XIX веков её почти нет, что подтверждает её локальный, скорее восточный, характер. По модели образования Капгук — это застывшее прозвище или личное имя, которое так и не получило фамильного суффикса: в русском языке её просто начали передавать по наследству в исходной форме.