Фамилия Капитайкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, образованное от глагола со специфическим значением. Корень здесь — «капитать» (или «капитить»), который в русских говорах, особенно северных и сибирских, означал «копить, собирать, приберегать». Капитайкой в крестьянской среде могли прозвать запасливого, хозяйственного человека, который «капитает» добро, откладывает на черный день. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Капитайкин, то есть сын или потомок Капитайки.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «капы» (ворота, дверь) или производным от него прозвищем — Капытай. Но здесь мешает фонетика: в русской адаптации тюркское «капы» обычно дает фамилии вроде Капытин, без растянутого «-ай-». Поэтому версия с глаголом «капитать» выглядит убедительнее: она объясняет и редкий суффикс -айк- (уменьшительно-прозвищный, как в фамилиях Гуляйкин, Ломайкин), и бытовую логику прозвища.

Любопытно, что фамилия почти не встречается за пределами России. По данным переписей, основные очаги — Вологодская и Кировская области, то есть регионы, где диалектный глагол «капитать» был в ходу. В центральных и южных губерниях Капитайкиных практически нет: там предпочитали другие модели прозвищ для запасливых людей (Скопидомов, Прижимистый). Это косвенно подтверждает северное происхождение фамилии.

В социальном плане Капитайкины — почти наверняка потомки государственных или экономических крестьян. Дворян среди них не было: фамилия не попала ни в «Бархатную книгу», ни в родословные сборники. Зато в метрических книгах XIX века Капитайкины изредка мелькают как мещане и купцы — видимо, прозвище предка, «копящего добро», оказалось пророческим для его потомков.