Фамилия Капненков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с личным именем, а с конкретным физическим действием или свойством. Разберём её по косточкам: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Капненк-. Самая вероятная версия отсылает к глаголу «капнуть» или существительному «капля». Прозвище Капня, Капнёнок или Капненко могли дать человеку, который отличался медлительностью, «капал» нудно и монотонно, либо, наоборот, был неаккуратным, «капающим» — ронял еду, проливал напитки. В русских говорах «капня» иногда означала сосульку или капель, что тоже могло стать метафорой для худого, вытянутого человека.

Суффикс -енк- в основе — типичный для украинских и южнорусских прозвищ уменьшительно-уничижительный формант (ср. Капненко — маленький, молодой Капня). Фамилия Капненков — это русифицированная форма украинской фамилии Капненко. Носитель такого прозвища из малороссийских земель или пограничья, попав в великорусскую среду, получил на выходе фамилию на -ов, как требовала местная традиция. Встречается она крайне редко, в основном в центральных и южных областях России, куда шла миграция с Украины в XVII–XIX веках.

Менее правдоподобная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «капнёнок» — так в некоторых регионах называли маленький капкан или западню. Тогда прозвище могло достаться охотнику или мастеру по изготовлению ловушек. Однако эта гипотеза слабее: слово «капнёнок» ни в одном серьёзном словаре не зафиксировано, а «капля» и её производные — общеславянский фонд.

Однокоренные фамилии — Каплин, Каплунов, Капнист, Капцов — все они идут от разных значений слова «капля» или «капать», но Капненков стоит особняком из-за редкого форманта -енк-. Это не аристократическая, не крестьянская и не духовная фамилия — она из разряда «прозвищных», то есть возникла в среде простых людей, скорее всего, в ремесленной или казачьей среде. Сословной привязки нет, география бытования узкая. Поиск по современным базам показывает единичные случаи, что делает её настоящей редкостью.