Фамилия Каптюшкин — редкий пример, когда основа слова почти полностью утратила связь с исходным значением, а суффикс подсказывает, как именно появилась фамилия. По модели образования это типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который в древности указывал на принадлежность: «чей сын?» — Каптюшкин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Каптюшка.

Самая сложная часть — корень «капт-». В русских говорах слово «каптюшка» не зафиксировано в словарях как распространённое, но есть несколько правдоподобных версий. Первая и наиболее вероятная: это вариант прозвища Каптюк, которое, в свою очередь, образовано от диалектного глагола «каптить» — то есть медленно капать, течь, или, в переносном смысле, делать что-то неспешно, вяло. В таком случае Каптюшка — человек медлительный или неряшливый (сравните с «каптюга» — ленивый, нерасторопный в некоторых южнорусских говорах). Вторая версия: связь с «каптюром» — старинным головным убором, капюшоном. Тогда прозвище мог получить тот, кто носил такую шапку или шил её. Третья, менее убедительная гипотеза — искажение имени Капитон (уменьшительное Каптошка), но форма «Каптюшка» для этого нехарактерна: от Капитона обычно шли Капитонов, Каптошкин.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, встречается в Тамбовской, Воронежской и Рязанской областях — именно там бытовали говоры с «каптюгой» и «каптить». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных имен или названий профессий, суффикс -ин здесь выдает прозвищное происхождение: Каптюшкой вряд ли назвали бы по имени, скорее по заметной черте характера или внешности.

Сословной принадлежности у фамилии нет — она могла возникнуть и у крестьянина, и у ремесленника. Никаких документальных упоминаний о дворянском роде Каптюшкиных не сохранилось, что подтверждает её «низовое» бытование. Носители фамилии сегодня — это потомки тех, кого в XVI–XVII веках прозвали за неспешность или за необычную шапку, и прозвище закрепилось в фамилии, пережив века.