Фамилия Капышкова — женская форма фамилии Капышков, и её происхождение стоит искать не в очевидном «капыш», а в диалектных прозвищах. Скорее всего, в основе лежит слово «капыш» — в некоторых говорах так называли копну сена или небольшой стог (сравните с «копна»). Тогда прозвище Капыш мог получить человек невысокого роста, коренастый, или же крестьянин, который занимался скирдованием сена.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «капышить», то есть копаться, возиться, делать что-то медленно и неловко. В этом случае прозвище носило бы ироничный характер и закреплялось за нерасторопным или суетливым человеком. Важно, что фамилия образована с помощью суффикса -ов-, типичного для русских фамилий, указывающего на принадлежность: «сын Капыша» или «из рода Капыша».

В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, форма Капышков говорит о том, что прозвище отца звучало как Капыш — без окончания, в мужском роде. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, где диалектное слово «капыш» было в ходу. Фамилия Капышкова, таким образом, хранит память о бытовом, трудовом прозвище предка, а не об имени или профессии.